Луиги Рицциарди 1 , Роса Маззео 2,*© , Ангело Раffаеле Марцотригиано 1 , Гуглиелмо Раиналди 3 , Паоло Иовиено 4 , Вито Зонно 1 , Стефано Паван 1© и Цонцетта Лотти 2,*
- 1 Одсек за науку о земљишту, биљкама и храни, Јединица за генетику биљака и оплемењивање Универзитета у Барију, Виа Амендола 165/А, 70125 Бари, Италија; луиги.рицциарди@униба.ит (ЛР);ангело.марцотригиано@униба.ит (АРМ); вито.зонно@униба.ит (ВЗ); стефано.паван@униба.ит (СП)
- 2 Одељење за пољопривреду, храну и животну средину, Универзитет у Фођи, Виа Наполи 25, 71122 Фоггиа, Италија
- 3 Одељење за бионауке, биотехнологију и биофармацеутику, Универзитет у Барију, Виа Орабона 4, 70125 Бари, Италија; гуглиелмо.раиналди@униба.ит
- 4 Одељење за енергетске технологије, Одсек за биоенергију, биорафинерију и зелену хемију, ЕНЕА Трисаиа истраживачки центар, СС 106 Јоника, км 419+500, 75026 Ротондела (МТ), Италија; паоло.иовиено@енеа.ит
* Преписка: роса.маззео@унифг.ит (РМ); цонцетта.лотти@унифг.ит (ЦЛ)
Сажетак:
Лук (Аллиум цепа Л.) је друга по важности повртарска култура широм света и надалеко је цењена због својих здравствених предности. Упркос значајном економском значају и његовој вредности као функционалне хране, лук је слабо истражен у погледу његове генетске разноврсности. Овде смо испитали генетску варијацију у „Ацкуавива црвеном луку“ (АРО), земљишту са вековном историјом узгоја у малом граду у провинцији Бари (Апулија, јужна Италија). Скуп од 11 микросателитских маркера је коришћен за истраживање генетске варијације у колекцији гермплазме која се састоји од 13 АРО популација и три уобичајена комерцијална типа. Анализа генетичке структуре параметарским и непараметарским методама истакла је да АРО представља добро дефинисан генски фонд, који се јасно разликује од раса Тропеа и Монторо са којима се често греши. Да би се пружио опис луковица које се обично користе за свежу потрошњу, процењен је садржај растворљивих чврстих супстанци и опорост, показујући већу слаткоћу у АРО у односу на две горе поменуте ландрасе. Све у свему, ова студија је корисна за будућу валоризацију АРО-а, која би се могла промовисати кроз ознаке квалитета које би могле допринијети ограничавању комерцијалних превара и побољшању прихода малих посједника.
увод
Род Аллиум обухвата око 750 врста [1], међу којима је један од најраспрострањенијих црни лук (Аллиум цепа Л., 2н = 2к =16). А. цепа има двогодишњи циклус и репродуктивно понашање изван укрштања. Данас, светска производња лука (97.9 Мт) га чини другом најважнијом повртарском културом после парадајза [2]. Од давнина, луковице лука се користе и као храна и у народној медицини. Заиста, стари Египћани су већ известили о неколико терапеутских формула заснованих на употреби белог и лука у медицинском папирусу из 1550. године пре нове ере, Цодек Еберс [3].
Ово свестрано и здраво поврће се конзумира сирово, свеже или као прерађени производ и користи се за побољшање укуса многих јела. Неколико недавних студија тврди да конзумација лука може смањити ризик од кардиоваскуларних болести [4,5], гојазности [6], дијабетеса [7] и различитих облика рака [8–10]. Здравствена својства лука се често приписују високим нивоима две класе нутрацеутских једињења: флавоноида и алк(ен)ил цистеин сулфоксида (АЦСО). Прва класа укључује флавоноле и антоцијанине. Кверцетин је главни флавонол који се може детектовати, познат по својим јаким антиоксидативним и антиинфламаторним својствима у уклањању слободних радикала и везивању јона прелазних метала [КСНУМКС]; док антоцијанини дају црвену/љубичасту боју неким сортама лука. Што се тиче АЦСОс, најзаступљенији је изоалиин [(+)-транс-С-1-пропенил-Л-цистеин сулфоксид] [КСНУМКС], неиспарљива и непротеиногена сумпорна аминокиселина ускладиштена у ћелијама, која је индиректно одговорна за оштру арому и укус лука [КСНУМКС]. Након прекида ткива, изоалиин се цепа од стране ензима алииназе да би се произвео низ испарљивих једињења (пируват, амонијак, тиосулфонати и пропантијал С-оксид) који изазивају кидање и изазивају непријатан мирис (опорост) [КСНУМКС]. Оштрина лука се често мери као количина, по граму свеже тежине, пирогрожђане киселине добијене хидролизом [КСНУМКС,16].
У земљама Средоземног басена, предложен као један од секундарних центара диверзитета А. цепа [КСНУМКС,18], луковице лука показују широку варијабилност у облику, величини, боји, сувој материји и оштрини [КСНУМКС-22]. Штавише, ђубрење на бази сумпора, агрономске праксе, тип земљишта, климатски услови и генотип сорте или рода могу утицати на квалитет луковице дајући посебне органолептичке и нутритивне вредности [КСНУМКС-27]. У Италији, упркос широкој доступности гермплазме лука, само неколико сорти лука је често подвргнуто научним студијама и правилно окарактерисано [КСНУМКС,29].
Темељна генетска и фенотипска карактеризација агробиодиверзитета је кључна да би се осигурало одговарајуће очување биљних генетичких ресурса и промовисала употреба специфичних генотипова у ланцу вредности [КСНУМКС-32]. Маркери понављања једноставне секвенце (ССР) често су бирани за мапирање [КСНУМКС-35], ДНК отисци прстију и дискриминација сорти [КСНУМКС-38]и поуздану процену генетске варијабилности унутар и међу расама [КСНУМКС-42], пошто су специфични за локус, мултиалелни, кодоминантно наслеђени, високо репродуктивни и погодни за аутоматизовану генотипизацију.
У овој студији, фокусирали смо нашу пажњу на апулијску традиционалну сорту, „црвени лук Ацкуавива“ (АРО), који се узгаја према методама органске пољопривреде у малом подручју града Ацкуавива делле Фонти, у провинцији Бари. (Апулија, јужна Италија). Луковице овог рода су велике и спљоштене и црвене боје и углавном се користе у локалним рецептима. Иако је АРО добио ознаку квалитета „Слов Фоод Пресидиум“, њена производња би могла бити даље промовисана и заштићена ознакама квалитета Европске уније, као што су заштићена географска ознака (ПГИ) и заштићена ознака порекла (ПОД), јер они могу допринети ограничавању комерцијалне преваре и побољшати приходе малих власника. Овде су ССР молекуларни маркери коришћени као моћни алати за процену генетичке варијације међу популацијама АРО и за разликовање ове домаће расе од друге две јужноиталијанске домаће врсте црвеног лука. Поред тога, проценили смо опорост и садржај растворљиве чврсте супстанце како бисмо проценили укус АРО у односу на потражњу на тржишту.
Резултати
Успостављање Ацкуавива колекције гермплазме црвеног лука и морфолошка карактеризација
Семе 13 популација АРО ландраса, које су донирали фармери у оквиру пројекта БиодиверСО Апулија Регион, коришћено је за успостављање колекције АРО гермплазме.
Морфолошки дескриптори, који се односе на луковицу, кожу и месо, прикупљени су на АРО заметној плазми и на три сорте лука, два припадају родној сорти „Тропеа црвени лук“ (ТРО) и један роду „Монторо бакарни лук“ (МЦО) (слика 1). Све АРО сијалице су биле равне и одликовале су се црвеном спољашњом кожом и месом са различитим нијансама црвене боје. Насупрот томе, месо ТРО сијалица је било потпуно црвено, док је месо МЦО сијалица било слабо пигментирано (Табела С1). Биохемијска анализа је омогућила да се процени садржај чврстих раствора и оштрина. Како је наведено у табели 1, средње вредности чврстог растворљивог садржаја луковица у популацијама АРО биле су 7.60, а кретале су се од 6.00 (АРО12) до 9.50° Брик (АРО11 и АРО13). Ова вредност је била виша од оне процењене за ТРО и МЦО ландрасе (4.25 и 6.00° Брик, респективно).
Табела КСНУМКС. Садржај чврстог раствора и вредности оштрине процењене у популацијама „Ацкуавива Ред Онион“ (АРО), „Тропеа Ред Онион“ (ТРО) и „Монторо Цоппер Онион“ (МЦО) *.
ЦОДЕ | Растворљиви чврсти садржај (Брик) | оштрина (pмолг-1 ФВ) | ||
Значити | CV y (%) | Значити | CV y (%) | |
АРОКСНУМКС | 6.25 Д * | 5.65 | 5.84 аб * | 23.78 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС ДЦ | 4.87 | КСНУМКС | 22.98 |
АРОКСНУМКС | 7.50 БЦД | 9.42 | 5.28 од | 22.88 |
АРОКСНУМКС | 7.50 БЦД | 0.00 | КСНУМКС | 3.74 |
АРО 5 | 7.50 БЦД | 0.00 | КСНУМКС | 9.68 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС Д | 5.65 | 4.51 од | 39.18 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС ДЦ | 4.87 | 5.25 од | 15.44 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС АБ | 0.00 | КСНУМКС | 3.49 |
АРОКСНУМКС | 8.25 АБЦ | 4.28 | КСНУМКС | 0.15 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС ДЦ | 0.00 | 5.94 од | 6.57 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС | 7.44 | 5.54 од | 16.43 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС Д | 0.00 | 4.91 од | 9.70 |
АРОКСНУМКС | КСНУМКС | 7.44 | КСНУМКС | 24.93 |
ОКК | КСНУМКС Д | 0.00 | 4.18 од | 2.66 |
ТРО1 | КСНУМКС Е | 8.31 | КСНУМКС Б | 2.10 |
ТРО2 | КСНУМКС Е | 8.31 | 4.28 од | 4.79 |
* Средства са истим словима у великим или малим словима се статистички не разликују на 0.01П односно 0.05П (СНК-ов тест). y Коефицијент варијације.
Средња вредност оштрине АРО, процењена на основу садржаја пирогрожђане киселине, била је 6.00, кретала се од 4.51 пмол г-1 ФВ (АРО6) до 7.04 (АРО8). Ова вредност је била виша од оне процењене у ТРО и МЦО ландрасама (3.54 пмол г-1 ФВ и 4.18 пмол г-1 ФВ, респективно).
Полиморфизам ССР и генетски односи међу акцесијама
У овој студији, 11 од 37 тестираних комбинација ССР прајмера дало је полиморфизам са једним локусом, тј. дајући највише два производа амплификације код једне особе. Укупно, 55 алела је откривено код 320 особа са бројем алела по локусу у распону од 2 (АЦМ147 и АЦМ 504) до 11 (АЦМ132) и средњом вредношћу од 5 алела (табела 2). У појединачним популацијама број алела (На) кретао се од 1.94 (АЦМ147 и АЦМ504) до 5.38 (АЦМ132), док се ефективни број алела (Не) кретао од 1.41 (АЦМ152) до 2.82 (АЦМ449). Одступања између На и Не вредности су биле последица присуства алела са ниском фреквенцијом у популацијама и доминације само неколико алела. Највиша уочена вредност хетерозиготности (Хо) истакнута је за АЦМ138 и АЦМ449 (0.62), док је најнижа била повезана са АЦМ152 (0.25). Очекивана хетерозиготност (Хе), која одговара теоријском очекивању у панмиктичкој популацији, кретала се од 0.37 (АЦМ504) до 0.61 (АЦМ132, АЦМ138 и АЦМ449). Рајтов индекс фиксације (Фис) је показао вредности блиске нули (просек 0.05) за све маркере, што указује на сличне вредности између посматраног и очекиваног нивоа хетерозиготности, као што се очекивало за врсту укрштања. Ефикасност појединачног ССР маркера у генетском отиску прстију процењена је индексом полиморфног садржаја информација (ПИЦ), са средњом вредношћу од 0.48 и кретала се од 0.33 (АЦМ504) до 0.67 (АЦМ132). Други индекс ефикасности, Шенонов индекс информација (И) је показао средњу вредност од 0.84, а претпостављене вредности су се кретале од 0.45 (АЦМ152) до 1.20 (АЦМ132).
Табела КСНУМКС. Карактеристике полиморфизма 11 ССР маркера који се користе за процену генетског диверзитета у популацијама АРО, ТРО и МЦО. Укупан број алела (На), опсег величине траке и индекс полиморфног информационог садржаја (ПИЦ) Погледајте укупан скуп од 320 индивидуа генотипизованих у овој студији. Број алела (На), број ефективних алела (Не), уочена хетерозиготност (Хо), очекивана хетерозиготност (Хе), индекс фиксације (Фis), а Шенонов индекс информација (И) се односе на средње вредности израчунате из 16 популација, од којих је свака састављена од 20 појединаца.
Лоцус. | Тотал На | Опсег величине (бп) | ПИЦ | Значити | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
АЦМКСНУМКС | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
АЦМКСНУМКС | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
АЦМКСНУМКС | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
АЦМКСНУМКС | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -КСНУМКС |
АЦМКСНУМКС | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -КСНУМКС |
АЦМКСНУМКС | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
АЦМКСНУМКС | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -КСНУМКС |
АЦМКСНУМКС | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
АЦМКСНУМКС | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -КСНУМКС |
АЦМКСНУМКС | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
АЦМКСНУМКС | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Значити | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Међу популацијама, АРО3, АРО6, АРО8, АРО10, ТРО1 и МЦО су показали висок ниво генетске варијације (Хо > 0.5), док је најмањи диверзитет примећен у популацији АРО7 (Хо = 0.27) (додатна табела С2). Све у свему, сви приступи су показали Фis вредности близу нуле (Фis средња вредност = 0.054), као што се очекивало под насумичним условима парења.
Анализа молекуларне варијансе и генетичке структуре
Хијерархијско подела генетске варијације међу и унутар популација израчуната је помоћу АМОВА. Резултати су истакли значајан део генетске варијације унутар популација (87%). Варијација међу популацијама, 13%, била је веома значајна (P < 0.001) (Табела 3). Парне вредности параметра Фпт, аналогног Рајтовом Фст индексу фиксације, у распону од 0.002 (АРО2/АРО10) до 0.468 (АРО7/ТРО2), биле су значајне (P < 0.05), осим за девет поређења у пару (додатна табела С3).
Табела КСНУМКС. Анализа молекуларне варијансе 320 генотипова из 16 популација Аллиум цепа L.
извор | df | Збир квадрата | Процена варијанце | Променљив (%) | Fpt | P |
Међу популацијама | 15 | 458.63 | 1.16 | 100% | ||
Унутар популација | 304 | 2272.99 | 7.50 | 100% | 0.134 | 0.001 |
укупан | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Истраживање генетске структуре у А. цепа колекција генотипизирана у овој студији извршена је помоћу кластерске анализе засноване на адмиктуре моделу имплементиране у софтверској СТРУКТУРИ. Метода Еванно АК предложила је подјелу у два кластера (К = 2) као најинформативнију за наше скуп података,с тхe следећи највиши пеак код К = 5 (сопплементаив Ргуре С1). за К = КСНУМКС, aхпopулатионс вере ассigned такођеnиf два кластера са а рнернбертоип коефицијент (к) > 0.7. Како сhoвн ин Слика 2a, први кластер (назван С1) укључивао је МЦО и све АРО популације, док је С2 кластер груписао две ТРО популације. На К = 5, пружајући дубљи опис скупа података (Слика 2b), 75% приступа припада једном од пет кластера. Потврђено је раздвајање између АРО (С1) и ТРО (С2), иако су неке АРО популације помешане (к <0.7) или груписане одвојено у два нова кластера С3 и С4 (АРО7 и АРО12, респективно). Занимљиво је да је комерцијални тип МЦО формирао посебан кластер (С5) одвојен од апулијског црвеног лука.
Генетски односи међу популацијама
ССР полиморфизам је омогућио да се нацрта дендрограм генетске разноврсности, а резултати филогенетске анализе су приказани на слици 3a. Овде је колекција гермплазме подељена у пет група које су снажно подржане вредностима за покретање. Популације АРО7 и АРО12 су одмах одвојене од преосталих популација и формирале су два различита кластера. Трећи кластер је укључивао две комерцијалне популације ТРО, док је четврти чвор поделио МЦО од једанаест популација АРО. Генетски однос који се јавља међу популацијама даље је истражен помоћу анализе главних координата (ПЦоА) (Слика 3b). Као што је раније наглашено, популације АРО су биле чврсто груписане, осим АРО12 и АРО7, који су се појавили на изолованим позицијама на ПЦоА парцели. Две ТРОс и МЦО популације биле су раштркане у доњем десном панелу графикона.
Слика КСНУМКС. Генетска разноликост међу 16 А. цепа популације окарактерисане у овој студији, на основу њиховог ССР профила. (a) УПГМА дендрограм генетске дистанце. Вредности подршке за покретање >50 су назначене изнад одговарајућих чворова; (b) анализа главних компоненти (ПЦоА). Кластер заокружен црвеном бојом у потпуности се подудара са групом генерисаном филогенетском анализом и коју чини 11 АРО приступа.
Дискусија
У оквиру велике количине агробиодиверзитета који се традиционално гаји у јужној Италији, сорте лука представљају нишне производе које треба сачувати од ризика генетске ерозије и претње замене модерним сортама. У оквиру регионалног пројекта БиодиверСО, чији је циљ прикупљање, карактеризација, промовисање и очување генетских ресурса региона Апулије који су снажно повезани са локалним наслеђем, успоставили смо колекцију семена од 13 популација АРО ландраса. Пријавили смо прву процену варијације АРО у смислу полиморфизма ДНК и два биохемијска параметра, садржај растворљиве чврсте супстанце и пирогрожђане киселине, који се односе на својства укуса и који су од значаја за прихватање свежих некуваних производа. Поред тога, подаци о АРО ландрасу упоређени су са онима прикупљеним на две друге врсте пигментисаног лука са којима се често греши.
Биохемијске анализе су истакле слаткоћу 13 популација АРО, у вези са високим садржајем растворљивих чврстих материја и средњом оштрином, према смерницама индустрије слатког лука [КСНУМКС]. АРО сијалице су биле слађе од оних код ТРО и МЦО ландраса, и показале су нешто већу оштрину. Међутим, слаткоћа у луку је последица равнотеже између садржаја шећера и љутине, па би ова карактеризација могла бити корисна да подржи селекцију вредних генотипова, коју фармери обично спроводе само на основу морфологије.
Потврђено је да су ССР маркери корисно средство за разликовање генотипова, иако прикупљени у уском растућем подручју као што је град Ацкуавива делле Фонти. Одабрани маркери су приказали већи број алела од маркера које су претходно пријавили [КСНУМКС] [КСНУМКС], али ниже од маркера које је пријавио [КСНУМКС]. Штавише, 50% нашег сета маркера је показало вредности ПИЦ индекса веће од 0.5, што се показало погодним за дискриминацију популација у колекцији, као што сугерише [КСНУМКС]. Процена диверзитета унутар популација открила је сличне вредности између Хо и Хе, што је резултирало ниским Фиs вредности. Ово је у складу са природом преласка А. цепа, који озбиљно пати од инбридинг депресије [КСНУМКС]. Укупан Фиs вредност израчуната у популацијама лука разматраних у овој студији (0.054) била је нижа од оне коју је претходно пријавио [КСНУМКС] (0.22) и скоро идентична оној коју је пронашао [КСНУМКС] (КСНУМКС) и [КСНУМКС] (0.00) који су проценили генетску разноликост у сортама лука из северозападне Шпаније и Нигера, респективно. Значајни нивои хетерозиготности у АРО популацијама појачавају идеју да Апулија представља центар разноликости за многе хортикултурне врсте [КСНУМКС, КСНУМКС, КСНУМКС-51].
АМОВА је истакла да већина молекуларних варијација у колекцији генотипизованој у овој студији лежи унутар популација. Међутим, значајна генетска диференцијација међу популацијама (ФPT вредности) открила је појаву генетске стратификације. У ствари, иако су наши резултати указали на присуство генетске униформности у већини АРО популација, формирајући добро дефинисан кластер, популације АРО7 и АРО12 показале су јасно различит генетски профил. Овај резултат може бити последица различитог порекла семена које су користила два фармера од којих су популације сакупљене. Штавише, на основу добијених резултата, АРО ландраса се може сматрати јасно различитом на генетском нивоу од ТРО и МЦО ландраса. У недавној студији, [КСНУМКС] проценио је генетску разноликост неколико италијанских сорти лука укључујући „Ацкуавива“, „Тропеа“ и „Монторо“. Иако су аутори користили СНП маркере за процену генетске разноликости шире колекције лука, генотипизација није била у стању да разликује „Ацкуавива“ од лука „Тропеа“ и „Монторо“. Вероватно је ово неслагање последица ниске пронађене средње вредности ПИЦ (0.292), што указује на скромну општу информативност анализираних локуса, како тврди [КСНУМКС]. Штавише, да би се истражило присуство подструктуре у њиховом италијанском кластеру, било би боље анализирати италијанске генотипове одвојено од остатка колекције. Вероватно би то омогућило да се визуелизује образац генетске разноликости повезан са географском стратификацијом или особинама под емпиријском селекцијом.
У закључку, ова студија представља свеобухватан извештај о сорти лука која је повезана са локалним културним наслеђем и од економског значаја за пољопривреднике. Наши резултати истичу да, уз неколико изузетака, АРО карактерише добро дефинисан генски фонд, који заслужује да буде сачуван од ризика од генетске ерозије. Стога је успостављање репрезентативне колекције овог вредног извора генетске разноврсности било кључно. Коначно, генетска и фенотипска карактеризација АРО би могла бити корисна за добијање ознака квалитета од Европске уније.
Материјал и метод
Сакупљање гермплазме, биљни материјал и екстракција ДНК
Скуп од 13 популација АРО ландраса је набављен у оквиру пројекта регије Апулија (БиодиверСО: https://www.biodiversitapuglia.it/), кроз серију мисија спроведених у „Ацкуавива делле Фонти“, малом апулијском граду у провинцији Бари, Италија. Места сакупљања сваког приступа су мапирана преко Географског информационог система (ГИС) и приказана у табели 4. Поред тога, две популације из ТРО ландраса и једна популација из МЦО ландраса укључене су у ову студију и коришћене као референце. Сав биљни материјал узгајан је у истим условима животне средине на експерименталној фарми „П Мартуцци“ Универзитета у Барију (41° 1'22.08″ Н, 16°54'25.95″ Е), под заштитним кавезом како би се избегло унакрсно опрашивање међу популације и обезбеђивање интра-популацијског опрашивања помоћу мушица (Луцилија Цезар). 16 популација је окарактерисано по особинама које се односе на величину и облик луковице и боју коже и меса (Табела С1). Поред тога, извршена је анализа садржаја чврсте растворљивости помоћу ручног рефрактометра, а оштрина је мерена у узорцима сока од лука додавањем 2,4-динитрофенил хидразина (0.125% v/v у 2Н ХЦл) и процењујући апсорпцију на 420 нм, како је известио од [КСНУМКС]. Дунцанов тест вишеструког опсега и СНК тест су спроведени да би се утврдило присуство значајних разлика.
Табела КСНУМКС. Списак популација прикупљених и генотипизованих у овој студији. За сваку популацију пријављују се идентификациони код, локални назив, ГПС координате и банка гена која чува семе.
код | Име | ГПС координате | Банка гена y |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°54'51.372″ Н 16°49'3.504" E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°52'49.8″ Н 16°49'48.575" E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Ди.ССПА |
АРОКСНУМКС | Циполла росса ди Ацкуавива | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Ди.ССПА |
ТРО1 | Циполла росса лунга ди Тропеа | - | Ди.ССПА |
ТРО2 | Циполла росса тонда ди Тропеа | - | Ди.ССПА |
ОКК | Циполла рамата ди Монторо | - | Ди.ССПА |
y Ди.ССПА, Одсек за науку о земљишту, биљкама и храни, Универзитет у Барију. |
Материјал листа од 20 генотипова по популацији је узоркован и чуван на -80 °Ц до употребе. За врсте богате полисахаридима, као А. цепа, Први кораци уклањања полисахарида су од суштинског значаја за добијање ДНК доброг квалитета, стога су почетна испирања у СТЕ пуферу (0.25 М сахароза, 0.03 М Трис, 0.05 М ЕДТА) изведена како је описано од [КСНУМКС]. Укупна ДНК је екстрахована по ЦТАБ методи [КСНУМКС] и на крају је проверен квалитет и концентрација помоћу Нано Дроп 2000 УВ-вис спектрофотометра (ТхермоСциентифиц, Валтхам, МА, УСА) и електрофорезе у 0.8% агарозном гелу.
Анализа ССР
16 ЕСТ-ССР комбинација прајмера које је развио [КСНУМКС] и претходно тестиран у студијама генетског диверзитета од [КСНУМКС] [КСНУМКС] и 21 геномски ССР [КСНУМКС-55] су прегледани да би се проценила њихова подобност (додатна табела С4). Генотипизација је изведена коришћењем методе економског флуоресцентног означавања у којој се М13 реп додаје сваком предњем ССР прајмеру [КСНУМКС]. ПЦР мешавине су припремљене у 20 гЛ реакције која садржи: 50 нг укупне ДНК, 0.2 мМ мешавине дНТП, 1Кс пуфера за ПЦР реакцију, 0.8 У ДреамТак ДНК полимеразе (Тхермо Сциентифиц, Валтхам, МА, САД), 0.16 гМ реверзног прајмера , 0.032 гМ предњег прајмера продуженог са М13 секвенцом (5′-ТГТААААЦГАЦГГЦЦАГТ-3′), и 0.08 гМ универзалног прајмера М13 обележеног ФАМ или НЕД флуоресцентним бојама (Сигма-Алдрицх, Ст. Лоуис, МО, САД). ПЦР реакције су изведене у СимплиАмп (Апплиед Биосистемс, ЦА, УСА) термоциклеру са следећим условима за већину парова прајмера: 94 °Ц током 5 минута, 40 циклуса на 94 °Ц током 30 с, 58 °Ц за 45 с и 72 °Ц за 45 с и коначно елонгација на 72 °Ц за 5 мин. Што се тиче АЦМ446 и АЦМ449, примењен је тоуцхдовн ПЦР са жарењем од 60 °Ц до 55 °Ц током 10 циклуса, 30 циклуса на 55 °Ц, након чега је уследило коначно продужење од 5 минута на 72 °Ц. ПЦР производи су стављени у плочу са 96 јажица и помешани са 14 гЛ Хи-Ди Формамида (Лифе Тецхнологиес, Царлсбад, Калифорнија, САД) и 0.5 гЛ ГенеСцан 500 РОКС Стандард Сизе Стандард (Лифе Тецхнологиес, Царлсбад, ЦА, УСА). Ампликони су раздвојени помоћу машине за капиларно секвенционирање АБИ ПРИСМ 3100 Авант Генетиц Анализер (Лифе Тецхнологиес, Царлсбад, ЦА, УСА), где су алели оцењени као ко-доминантни и додељени коришћењем ГенеМаппер софтверске верзије 3.7.
Софтвер ГенАлЕк 6.5 [КСНУМКС] и Цервус 3.0.7 [КСНУМКС] коришћени су за процену броја алела (На), броја ефективних алела (Не), уочене хетерозиготности (Хо), очекиване хетерозиготности (Хе), садржаја полиморфних информација (ПИЦ), Шеноновог индекса информација (И) и индекса фиксације (Фис ) за сваки ССР локус.
Процена генетичког диверзитета
ГенАлЕк 6.5 процењивао је хијерархијску поделу генетичке варијације између и унутар популација лука. [КСНУМКС] кроз анализу молекуларне варијансе (АМОВА) са 999 боотстраппингом да би се тестирала значајност. Штавише, ГенАлЕк 6.5 софтвер је коришћен за процену разноликости унутар сваке популације израчунавањем просека Хо, Хе и Фис за све ССР локусе.
Структура становништва је изведена бајесовим алгоритмом за груписање заснованим на моделу који је имплементиран у софтверу СТРУЦТУРЕ в.2.3.4 [КСНУМКС]. Скуп података је покренут са одређеним бројем хипотетичких кластера (К), у распону од 1 до 10, постављајући десет независних серија по свакој вредности К. За сваку серију, са циљем да се потврди конзистентност резултата, 100,000 почетних периода сагоревања и 100,000 итерација Марковљевог ланца Монте Карло (МЦМЦ) изведено је према моделу примеса и независним фреквенцијама алела међу популацијама. Највероватнија К вредност је одређена применом АК методе, коју је описао [КСНУМКС], у веб базираном програму СТРУЦТУРЕ ХАРВЕСТЕР [КСНУМКС]. Појединачна популација је додељена одређеном кластеру када је њен коефицијент припадности (к-вредност) био већи од 0.7, у супротном се сматрало да има помешано порекло.
Извршена је главна координатна анализа како би се визуелизовали обрасци генетског односа међу акцесијама откривеним Неи-овом матрицом генетске удаљености (додатна табела С5). На основу фреквенција алела, конструисан је дендрограм генетске удаљености применом методе непондерисане групе парова са кластер анализом аритметичких просека (УПГМА) у софтверу ПОПТРЕЕВ [КСНУМКС]. Боотстраппинг је примењен за процену поверења у хијерархијско груписање, подешавањем 100 поновног узорковања скупа података. Коначно, софтвер МЕГА Кс [КСНУМКС] је коришћен као софтвер за цртање дрвета.
Додатни материјали: Следеће су доступне онлине на адреси http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Табела С1: Морфолошка карактеризација АРО, МЦО и ТРО сијалица. Табела С2: Индекси хетерозиготности и фиксације израчунати за АРО ландрасе и ТРО и МЦО ландрасе. Табела С3: Парне вредности параметра Фпт. Табела С4: Листа ССР-а коришћених у студији. Табела С5. Парна популацијска матрица Неи генетске удаљености. Слика С1: Линијски графикон вредности К које се мењају са Еванновом Делта К.
Доприноси аутора: ЦЛ и ЛР су осмислили студију и дизајнирали експеримент; ЦЛ и ПИ су извршили анализу молекуларних маркера; АРМ и ВЗ су извршили огледе на терену; РМ, СП, ГР и ЦЛ су били укључени у анализу података; РМ и ЦЛ су написали рукопис. Сви аутори су прочитали и сложили се са објављеном верзијом рукописа.
Финансирање: Овај рад је финансиран од стране регионалног апулијског пројекта „Биодиверзитет апулијских врста поврћа“—Программа ди Свилуппо Рурале пер ла Пуглиа 2014-2020. Мисура 10—Соттомисура 10.2; грант ЦУП Х92Ц15000270002, Италија.
Захвале: Захвалнице дугују „Азиенда Агрицола Ианноне Анна“ и „Ассоциазионе продуттори делла вера циполла росса ди Ацкуавива“ за обезбеђивање биљног материјала коришћеног у експерименту.
Сукоб интереса: Аутори не објављују сукоб интереса.
Референце
- 1. Стеарн, ВТ Колико врста Аллиума је познато? Кев Маг. 1992, 9,180-182. [ЦроссРеф]
- 2. ФАОСТАТ. ФАО статистичка база података. Доступно на мрежи: http://www.fao.org/2017 (приступљено 8. јануара 2019.).
- 3. Блоцк, Е. Хемија белог и лука. Сци. Сам. 1985, 252,114-119. [ЦроссРеф]
- 4. Лее, Б.; Јунг, ЈХ; Ким, ХС Процена црвеног лука на антиоксидантну активност код пацова. Фоод Цхем. Токицол. 2012, 50, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 5. Лее, СМ; Моон, Ј.; Цхунг, ЈХ; Цха, ИЈ; Схин, МЈ Ефекат екстракта коре лука богатог кверцетином на артеријску тромбозу код пацова. Фоод Цхем. Токицол. 2013, 57, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 6. Јошинари, О.; Схиојима, И.; Игарасхи, К. Ефекти екстракта лука против гојазности код масних пацова са дијабетесом Зуцкер. Хранљиве материје 2012, 4,КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 7. Акасх, МСХ; Рехман, К.; Цхен, С. Зачинска биљка Аллиум цепа: додатак исхрани за лечење дијабетес мелитуса типа 2. Исхрана 2014, 30,1128-1137. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 8. Ванг, И.; Тиан, ВКС; Ма, КСФ Инхибицијски ефекти лука (Аллиум цепа Л.) екстракт на пролиферацију ћелија рака и адипоцита путем инхибиције синтазе масних киселина. Асиан Пац. Ј. Цанцер Прев. 2012,13, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 9. Лаи, ВВ; Хсу, СЦ; Цхуех, ФС; Цхен, ИИ; Ианг, ЈС; Лин, ЈП; Лиен, ЈЦ; Тсаи, ЦХ; Цхунг, ЈГ Куерцетин инхибира миграцију и инвазију САС хуманих оралних ћелија рака кроз инхибицију сигналних путева НФ-каппаБ и матрикс металопротеиназе-2/-9. Антицанцер Рес. 2013, 33,1941-1950. [ПубМед]
- 10. Никастро, ХЛ; Росс, СА; Милнер, ЈА Бели лук и лук: њихова својства превенције рака. Цанцер Прев. Рес. 2015, 8,КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 11. Форте, Л.; Торрицелли, П.; Боанини, Е.; Газзано, М.; Рубини, К.; Фини, М.; Биги, А. Својства антиоксиданса и обнављања костију кверцетин-функционализованог хидроксиапатита: ин витро студија кокултуре остеобласта-остеокласта-ендотелних ћелија. Ацта Биоматер. 2016, 32, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 12. Иамазаки, И.; Ивасаки, К.; Миками, М.; Иагихасхи, А. Дистрибуција једанаест прекурсора укуса, С-Алк(ен)ил-Л-цистеин деривата, у седам Аллиум поврћа. Фоод Сци. Тецхнол. Рес. 2011, 17, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 13. Блоцк, Е. Органосулфур цхемистри оф тхе Генус Аллиум—Имплицатионс фор тхе органиц цхемистри оф сумпор. Ангев. Цхем. Инт. Ед. енгл. 1992, 31,1135-1178. [ЦроссРеф]
- 14. Гриффитхс, Г.; Труеман, Л.; Цровтхер, Т.; Тхомас, Б.; Смитх, Б. Онионс-Глобална корист за здравље. Пхитотхер. Рес. 2002,16, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 15. Сцхвиммер, С.; Вестон, ВЈ Ензимски развој пирогрожђане киселине у луку као мера оштрине. Ј. Агриц. Фоод Цхем. 1961, 9, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 16. Кеттер, ЦАТ; Рандле, ВМ Оцена оштрине у луку. У Испитане студије за лабораторијску наставу; Карцхер, СЈ, ур.; Удружење за лабораторијско образовање за биологију (АБЛЕ): Њујорк, Њујорк, САД, 1998; Том 19, стр. 177-196.
- 17. Ханелт, П. Таксономија, еволуција и историја. Ин Лук и сродни усеви, књ. И. Ботаника, физиологија и генетика; Рабиновитцх, ХД, Бревстер, ЈЛ, Едс.; ЦРЦ Пресс: Боца Ратон, ФЛ, САД, 1990; стр. 1-26.
- 18. Рабиновиц, ХД; Цуррах, Л. Аллиум Цроп Сциенце: Недавна достигнућа; ЦАБИ Публисхинг: Валлингфорд, УК, 2002.
- 19. Маллор, Ц.; Царраведо, М.; Естопанан, Г.; Маллор, Ф. Карактеризација генетских ресурса лука (Аллиум цепа Л.) из шпанског секундарног центра разноликости. Спан. Ј. Агриц. Рес. 2011, 9,144-155. [ЦроссРеф]
- 20. Фериоли, Ф.; Д'Антуоно, ЛФ Евалуација фенола и цистеин сулфоксида у локалној гермплазми лука и шалотке из Италије и Украјине. Генет. Ресоур. Цроп Евол. 2016, 63, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 21. Петропоулос, СА; Фернандес, А.; Баррос, Л.; Ферреира, ИЦФР; Нтатси, Г. Морфолошки, нутритивни и хемијски опис 'ватикиотико', локалне сорте лука из Грчке. Фоод Цхем. 2015,182,156-163. [ЦроссРеф]
- 22. Лигуори, Л.; Адилетта, Г.; Наззаро, Ф.; Фратианни, Ф.; Ди Маттео, М.; Албанесе, Д. Биохемијска, антиоксидативна својства и антимикробна активност различитих сорти лука на подручју Медитерана. Ј. Фоод Меас. Карактер. 2019,13,1232-1241. [ЦроссРеф]
- 23. Иоо, КС; Пике, Л.; Цросби, К.; Јонес, Р.; Лесковар, Д. Разлике у љутости лука у зависности од сорти, средине раста и величине луковица. Сци. Хортиц. 2006,110,144-149. [ЦроссРеф]
- 24. Бееск, Н.; Пернер, Х.; Сцхварз, Д.; Георге, Е.; Крох, ЛВ; Рохн, С. Дистрибуција кверцетин-3, 4′-О-диглукозида, кверцетин-4′-О-моноглукозида и кверцетина у различитим деловима луковице лука (Аллиум цепа Л.) под утицајем генотипа. Фоод Цхем. 2010,122, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 25. Царусо, Г.; Цонти, С.; Виллари, Г.; Боррелли, Ц.; Мелкионна, Г.; Минутоло, М.; Руссо, Г.; Амалфитано, Ц. Утицај времена пресађивања и густине биљака на принос, квалитет и садржај антиоксиданата црног лука (Аллиум цепа Л.) у јужној Италији. Сци. Хортиц. 2014,166,111-120. [ЦроссРеф]
- 26. Перез-Грегорио, МР; Регуеиро, Ј.; Симал-Гандара, Ј.; Родригуес, АС; Алмеида, ДПФ Повећање додатне вредности лука као извора антиоксидативних флавоноида: Критички преглед. Крит. Рев. Фоод Сци. Нутр. 2014, КСНУМКС,КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 27. Похнл, Т.; Сцхвеиггерт, РМ; Царле, Р. Утицај методе узгоја и селекције сорте на растворљиве угљене хидрате и оштре принципе у луку (Аллиум цепа Л.). Ј. Агриц. Фоод Цхем. 2018, 66,12827-12835. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 28. Тедесцо, И.; Царбоне, В.; Спагнуоло, Ц.; Минаси, П.; Руссо, ГЛ Идентификација и квантификација флавоноида из две јужноиталијанске сорте Аллиум цепа Л., Тропеа (црвени лук) и Монторо (бакарни лук), и њихов капацитет да заштите људске еритроците од оксидативног стреса. Ј. Агриц. Фоод Цхем. 2015, 63, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 29. Виллано, Ц.; Еспосито, С.; Царуцци, Ф.; Фрусцианте, Л.; Царпуто, Д.; Аверсано, Р. Генотипизација високе пропусности у луку открива структуру генетичког диверзитета и информативне СНП корисне за молекуларно оплемењивање. Мол. Бреед. 2019, 39, КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 30. Мерцати, Ф.; Лонго, Ц.; Пома, Д.; Аранити, Ф.; Лупини, А.; Маммано, ММ; Фиоре, МЦ; Абенаволи, МР; Сунсери, Ф Генетичка варијација италијанског парадајза са дугим роком трајања (Соланум лицоперсицум Л.) прикупљање коришћењем ССР и морфолошких особина плода. Генет. Ресоур. Цроп Евол. 2014, 62, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 31. Гонзалез-Перез, С.; Маллор, Ц.; Гарцес-Клавер, А.; Мерино, Ф.; Табоада, А.; Ривера, А.; Помар, Ф.; Перовић, Д.; Силвар, Ц. Истраживање генетске разноврсности и особина квалитета у колекцији лука (Аллиум цепа Л.) ландрасе из северозападне Шпаније. Генетика 2015, 47, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 32. Лотти, Ц.; Иовиено, П.; Центомани, И.; Маркотриђано, АР; Фанелли, В.; Мимиола, Г.; Суммо, Ц.; Паван, С.; Рицциарди, Л. Генетичка, био-агрономска и нутритивна карактеризација кеља (Брассица олерацеа Л. вар. ацепхала) разноликост у Апулији, јужна Италија. разноврсност 2018,10, КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 33. Бардаро, Н.; Маркотриђано, АР; Брацуто, В.; Маззео, Р.; Рицциарди, Ф.; Лотти, Ц.; Паван, С.; Рицциарди, Л. Генетичка анализа резистенције на Оробанцхе црената (Форск.) у грашку (Писум сативум Л.) нискостриголактонска линија. Ј. Плант Патхол. 2016, КСНУМКС, КСНУМКС-КСНУМКС.
- 34. Вако, Т.; Тсуказаки, Х.; Иагуцхи, С.; Иамасхита, К.; Ито, С.; Схигио, М. Мапирање локуса квантитативних својстава за време спајања лука у гроздовима (Аллиум фистулосум Л.). Еупхитица 2016, 209, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 35. Дхака, Н.; Мукхопадхиаи, А.; Паритош, К.; Гупта, В.; Пентал, Д.; Прадхан, АК Идентификација генских ССР-а и изградња мапе веза засноване на ССР-у у Брассица јунцеа. Еупхитица 2017, 213, КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 36. Анандхан, С.; Моте, СР; Гопал, Ј. Евалуација сортног идентитета лука коришћењем ССР маркера. Сеед Сци. Тецхнол. 2014, 42, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 37. Митрова, К.; Свобода, П.; Овесна, Ј. Избор и валидација сета маркера за диференцијацију сорти лука из Чешке. чешки Ј. Генет. Плант Бреед. 2015, 51, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 38. Ди Риензо, В.; Миаззи, ММ; Фанелли, В.; Сабетта, В.; Монтемурро, Ц. Очување и карактеризација биодиверзитета апулијске гермплазме маслине. Ацта Хортиц. 2018,КСНУМКС,КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 39. Маллор, Ц.; Арнедо-Андрес, А.; Гарцес-Цлавер, А. Процена генетске разноврсности шпанског језика Аллиум цепа ландрасе за узгој лука помоћу микросателитских маркера. Сци. Хортиц. 2014,170,24-31. [ЦроссРеф]
- 40. Ривера, А.; Маллор, Ц.; Гарцес-Клавер, А.; Гарциа-Уллоа, А.; Помар, Ф.; Силвар, Ц. Процена генетске разноврсности лука (Аллиум цепа Л.) ландрасе из северозападне Шпаније и поређење са европском варијабилности. НЗЈ Цроп Хортиц. 2016, 44,103-120. [ЦроссРеф]
- 41. Де Гиованни, Ц.; Паван, С.; Таранто, Ф.; Ди Риензо, В.; Миаззи, ММ; Маркотриђано, АР; Мангини, Г.; Монтемурро, Ц.; Рицциарди, Л.; Лотти, Ц. Генетичка варијација глобалне колекције гермплазме сланутка (Цицер ариетинум Л.) укључујући и италијанске акцесе под ризиком од генетске ерозије. Пхисиол. Мол. Биол. Биљке 2017, 23,197-205. [ЦроссРеф]
- 42. Маззео, Р.; Моргесе, А.; Соннанте, Г.; Зулуага, ДЛ; Паван, С.; Рицциарди, Л.; Лотти, Ц. Генетски диверзитет у броколи рабе (Брассица рапа Л. субсп. силвестрис (Л.) Јанч.) из јужне Италије. Сци. Хортиц. 2019, 253,140-146. [ЦроссРеф]
- 43. Јаксе, М.; Мартин, В.; МцЦаллум, Ј.; Хавеи, М. Појединачни нуклеотидни полиморфизми, индели и понављања једноставних секвенци за идентификацију сорте лука. Џем. Соц. Хортиц. Сци. 2005,130, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 44. МцЦаллум, Ј.; Тхомсон, С.; Питхер-Јоице, М.; Кенел, Ф. Анализа генетичког диверзитета и развој маркера полиморфизма једног нуклеотида у култивисаном луку луковице на основу експресиране секвенце таг-једноставне секвенце понављања маркера. Џем. Соц. Хортиц. Сци. 2008,133, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 45. Балдвин, С.; Питхер-Јоице, М.; Вригхт, К.; Цхен, Л.; МцЦаллум, Ј. Развој робусних геномских маркера понављања једноставне секвенце за процену генетичке разноврсности унутар и међу луковицама лука (Аллиум цепа Л.) популације. Мол. Бреед. 2012, 30,1401-1411. [ЦроссРеф]
- 46. ДеВооди, ЈА; Хонеицутт, РЛ; Сков, ЛЦ микросателитски маркери код белог јелена. Ј. Херед. 1995, КСНУМКС, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 47. Кходадади, М.; Хассанпанах, Д. Ирански лук (Аллиум цепа Л.) реакције сорти на депресију при инбредингу. Ворлд Аппл. Сци. Ј. 2010,11, КСНУМКС-КСНУМКС.
- 48. Абдоу, Р.; Бакассо, И.; Саадоу, М.; Баудоин, ЈП; Харди, ОЈ Генетичка разноликост нигерског лука (Аллиум цепа Л.) процењено једноставним маркерима понављања секвенце (ССР). Ацта Хортиц. 2016,КСНУМКС, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 49. Паван, С.; Лотти, Ц.; Маркотриђано, АР; Маззео, Р.; Бардаро, Н.; Брацуто, В.; Рицциарди, Ф.; Таранто, Ф.; Д'Агостино, Н.; Сцхиавулли, А.; ет ал. Изразита генетска група у култивисаном сланутку као што је откривено откривањем маркера у целом геному и генотипизацијом. Биљни геном 2017, КСНУМКС,КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 50. Паван, С.; Маркотриђано, АР; Циани, Е.; Маззео, Р.; Зонно, В.; Руггиери, В.; Лотти, Ц.; Рицциарди, Л. Генотипизација-секвенцирањем диње (Цуцумис мело Л.) збирка гермплазме из секундарног центра диверзитета наглашава обрасце генетичке варијације и геномске карактеристике различитих генских фондова. БМЦ Геном. 2017, 18, КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 51. Ди Риензо, В.; Сион, С.; Таранто, Ф.; Д'Агостино, Н.; Монтемурро, Ц.; Фанелли, В.; Сабетта, В.; Боуцхефа, С.; Таменђари, А.; Паскуалоне, А.; ет ал. Генетски ток међу популацијом маслина у медитеранском басену. Пеер Ј. 2018, 6. [ЦроссРеф]
- 52. Схепхерд, ЛД; МцЛаи, ТГ Два протокола на микро скали за изолацију ДНК из биљног ткива богатог полисахаридима. Ј. Плант Рес. 2011,124, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 53. Доиле, ЈЈ; Доиле, ЈЛ Изолација биљне ДНК из свежег ткива. Фокус 1990,12,13-14.
- 54. Кухл, ЈЦ; Цхеунг, Ф.; Киаопинг, И.; Мартин, В.; Зевдие, И.; МцЦаллум, Ј.; Цатанацх, А.; Рутхерфорд, П.; Синк, КЦ; Јендерек, М.; ет ал. Јединствени сет од 11,008 ознака секвенце изражене у луку открива експресну секвенцу и геномске разлике између редова монокота шпароге и поале. Биљних ћелија 2004,16, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 55. Ким, ХЈ; Лее, ХР; Хиун, ЈИ; Сонг, КХ; Ким, КХ; Ким, ЈЕ; Хур, ЦГ; Харн, ЦХ Развој маркера за тестирање генетске чистоће лука користећи ССР Финдер. Кореан Ј. Бреед. Сци. 2012, 44, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 56. Сцхуелке, М. Економски метод за флуоресцентно обележавање ПЦР фрагмената. Нат. Биотецхнол. 2000, 18, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 57. Пеакалл, Р.; Смоусе, ПЕ ГенАлЕк 6.5: Генетичка анализа у Екцел-у. Популациони генетски софтвер за наставу и истраживање: ажурирање. Биоинформатика 2012, 28, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф] [ПубМед]
- 58. Калиновски, СТ; Тапер, МЛ; Марсхалл, ТЦ Ревизија начина на који компјутерски програм ЦЕРВУС прилагођава грешке генотипизације повећава успех у одређивању очинства. Мол. Ецол. 2007,16,1099-1106. [ЦроссРеф]
- 59. Притцхард, ЈК; Степхенс, М.; Росенберг, НА; Доннелли, П. Мапирање асоцијација у структурираним популацијама. Сам. Ј. Хум. Генет. 2000, КСНУМКС, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 60. Еванно, Г.; Регнаут, С.; Гоудет, Ј. Детекција броја кластера појединаца коришћењем софтвера СТРУКТУРА: симулациона студија. Мол. Ецол. 2005,14, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 61. Еарл, Д.; ВонХолдт, Б. СТРУКТУРА ХАРВЕСТЕР: Веб страница и програм за визуелизацију излаза СТРУКТУРА и имплементацију Еванно методе. Цонсерв. Генет. Ресоур. 2011, 4. [ЦроссРеф]
- 62. Такезаки, Н.; Неи, М.; Тамура, К. ПОПТРЕЕВ: Веб верзија ПОПТРЕЕ-а за конструисање стабала популације из података о фреквенцији алела и израчунавање неких других величина. Мол. Биол. Евол. 2014, КСНУМКС, КСНУМКС-КСНУМКС. [ЦроссРеф]
- 63. Кумар, С.; Стецхер, Г.; Ли, М.; Книаз, Ц.; Тамура, К. МЕГА Кс. Анализа молекуларне еволуционе генетике на рачунарским платформама. Мол. Биол. Евол. 2018, 35,1547-1549. [ЦроссРеф]